Fondo Berio
È il nucleo originario della Biblioteca ed è costituito da circa 6.000 volumi dal XV al XVIII secolo appartenuti all’abate Giuseppe Carlo Vespasiano Berio (1713-1794), che aveva aperto al pubblico la sua biblioteca privata.
Il catalogo del Fondo Berio nel portale "Biblioteche dei filosofi"  

Fondo Canevari
Comprende circa 2.000 volumi di argomento medico, filosofico e scientifico, raccolti dal medico genovese Demetrio Canevari (1559-1625).
Catalogo del Fondo Demetrio Canevari della Biblioteca civica Berio di Genova / a cura di Rodolfo Savelli 
Fondazione Canevari – Mostra “Saperi e meraviglie”
Il catalogo del Fondo Canevari nel portale "Biblioteche dei filosofi"

Fondo Brignole Sale
Pervenuto alla Berio nel 1983, è costituito da volumi manoscritti e a stampa (XV-XIX sec.) appartenuti alla famiglia patrizia genovese Brignole Sale e donati al Comune di Genova dalla Duchessa di Galliera nel 1874.

Fondo Torre
Raccoglie preziose rarità bibliografiche, soprattutto del XV-XVI sec., donate nell’anno 1900 da Giuseppe Torre, raffinato collezionista di libri antichi.
Le curiosità del Fondo Torre : catalogo delle edizioni e dei manoscritti del Fondo Torre / Moira Minafro, in “La Berio” n. 2/2011 

Raccolta Dantesca
Comprende quasi tutte le edizioni delle opere di Dante Alighieri dal XV al XIX sec., molte di quelle del XX sec. e saggi di critica dantesca, in gran parte provenienti dalla collezione del bibliofilo scozzese Evan Mackenzie, proprietario del famoso castello costruito da Gino Coppedè sulle alture dietro piazza Manin.
Catalogo storico della collezione Mackenzie

Raccolta Colombiana
È costituita da circa 5.000 volumi ed opuscoli relativi a Cristoforo Colombo e alla scoperta dell’America dal XVI sec. a oggi. Ne fa parte la Biblioteca Colombiana donata da Paolo Emilio Taviani nell’anno 2000, che comprende molti libri pubblicati nel Centro e Sud America.

Sezione specializzata in storia del libro e della stampa
Monografie (per la maggior parte collocate in libero accesso nella sala B5 e disponibili per il prestito) e periodici sui seguenti argomenti: storia del libro, della stampa, della miniatura e dell’illustrazione libraria, catalogazione del libro antico, conservazione e restauro del materiale librario e documentario.

I tesori della Biblioteca Berio (brochure 2016)